Die Hauptkonfiguration ist in einem für User nicht zugänglichen Verzeichnisbaum. .htaccess ermöglicht große Flexibilität auf Kosten der gesamten Sicherheit. Ich bevorzuge das, wenn ich in einem bestimmten Verzeichnis flexibel sein möchte, ohne ganze Verzeichnisbaumrechte in der Apache-Config dafür ändern zu müssen. Wenn das einigermaßen statisch ist, wäre die Apache-Config aber wohl der bessere Ort.
BTW, wenn man die ändert, reicht normalerweise ein "reload" statt eines Neustarts von Apache, also Init-Script nicht mit "restart" sondern mit "reload" aufrufen....