Äh ... hier scheint ein kleines Mißverständnis vorzuliegen ... wenn Du unter "/etc/rc3.d" die Links löschst, heißt das nur, dass beim Einstieg in den Runlevel GDM bzw KDM nicht mehr gestartet werden. Wenn sie schon laufen, laufen sie weiter ...
z.B. hast Du geschrieben, dass "runlevel" aus Output "2 3" liefert. Wenn jetzt also im Runlevel 2 GDM bzw KDM gestartet werden, und Du den vorher "anläufst" hat es keinerlei Einfluß, ob in rc3.d die Links fehlen.
Wenn Du allerdings wie gerschrieben Spot-Links für GDM bzw KDM in rc3.d anlegst (mit Punkt), dann sollte der X-Server auch stoppen, wenn Du aus einem beliebigen runlevel kommst ...
"Hab grad in der Datei /etc/rc3.d mal gekuckt was da so drin ist, also GDM müsste es dann sein." ... hä? "/etc/rc3.d" ist ein Verzeichnis ...
Und wieso steht da noch was von GDM? Ich dachte, die Start-Links hast Du entfernt und die Stop-Links noch nicht angelegt ... ???